Il Santuario è situato nel piccolo paese di Sotto il Monte, nella provincia di Bergamo, dove è nato e cresciuto Angelo Giuseppe Roncalli. Papa Giovanni XXIII ha sempre mantenuto un legame molto forte con il paese natale tanto da dichiarare: “Sempre caro il mio nido di Sotto il Monte. Io non riesco a spiegare a me stesso l’attaccamento per questo piccolo angolo di mondo dove nacqui e dove amerei finire in pace i miei giorni”.
Il complesso costituito dalla Chiesa Parrocchiale, dalla Cappella della Pace, dal Giardino della Pace e dalla Cripta Oboedientia et Pax, viene ufficialmente riconosciuto Santuario San Giovanni XXIII nell’ottobre del 2014, subito dopo la canonizzazione del Santo Papa. In particolare la Cripta ospita in una grande teca il calco realizzato dall'artista Giacomo Manzù del volto e della mano destra del Papa. La mano è quella che ha firmato la "Pacem in Terris", l’enciclica-testamento pubblicata nel 1963, nata insieme ai suoi convincenti appelli di pace durante la crisi di Cuba nel 1963.
Inoltre l’intero paese di Sotto il Monte viene definito “Santuario diffuso” o “Santuario a cielo aperto” proprio per la presenza omogenea di luoghi significativi per la crescita e la formazione di questo grande uomo, come la Casa Natale, la residenza di Ca’ Maitino e la chiesa S. Maria di Brusicco.
Ancora oggi, a distanza di molti anni dalla morte di Papa Giovanni, rimangono quindi vivi e forti i segni dei suoi passaggi e del suo legame con questo piccolo paese: Sotto il Monte parla con grande orgoglio del suo più illustre concittadino e soprattutto riesce, attraverso i luoghi, a condurre ogni pellegrino verso un’autentica e genuina esperienza di fede.
Le numerose visite durante l’arco dell’anno sono la prova di un sempre più intenso e inesauribile affetto verso il Papa della bontà, il quale, non dimentichiamo, si fece cullare nel corso della sua vita dal soffio dello Spirito Santo ed ebbe l’intuizione profetica e il coraggio di inaugurare una nuova stagione per la Chiesa Cattolica: il Concilio Vaticano II.