La chiesa di S. Francesco a Ripa e il suo complesso conventuale conservano la memoria della presenza di S. Francesco d'Assisi a Roma. Forse già nel 1209, per interessamento della nobildonna Jacopa dei Settesoli della famiglia romana dei Frangipani, S. Francesco e i suoi compagni, vennero accolti dai monaci Bbenedettini di S. Cosimato in quello che allora era l'ospizio di S. Biagio. Risale al 1229, circa tre anni dopo la morte del santo Santo di Assisi, la bolla Cum deceat vos di Gregorio IX, con la quale si dona definitivamente il luogo ai Frati Minori. Alla generosità del conte Pandolfo di Anguillara si deve, nel 1231, la costruzione della chiesa e del convento più spaziosi che sostituirono gli edifici preesistenti. Nella nuova fabbrica, la prima dedicata a S. Francesco in Roma, venne inglobato, ridotto a cella-santuario, il luogo della permanenza del santo Santo di Assisi e dei suoi compagni, ancora oggi visitata da un flusso continuo di pellegrini. Tale cappellina è stata sempre il fulcro delle fasi storiche successive del complesso. Lo splendido altare ligneo che, con meccanismo ingegnoso, ostende la ricchissima raccolta di reliquie donata dal cardinal Ranuccio Pallavicini,ordinata da fr. Tommaso da Spoleto, è opera di fra Bernardino da Jesi, che vi attese dal della fine del XVII secolo 1698 al 1710. Al centro di esso è stato da allora allocato collocata la preziosa icona ildi S. Francesco dipinta dida Margheritone d'Arezzo del nel XII XIII secolo.