La chiesa di Nostra Signora del Ponte deve il suo nome al fatto di essere stata costruita ai piedi di un antico ponte in legno (trasformato in pietra per opera di Ugo Fieschi) che attraversa l'Entella. La sua storia e quella del ponte procedono di pari passo per molto tempo. Ogni anno, l'8 settembre Nostra Signora del Ponte festeggia la sua Natività e la domenica successiva si celebra la Processione Mariana con lo suggestivo spettacolo pirotecnico sul Ponte della Maddalena.
In una notte del 1564 la chiesa subì un saccheggio da parte dell'ammiraglio turco-pirata Dragut, già celebre nel Tigullio per le sue razzie compiute nei vari borghi marinari di Rapallo e Santa Margherita Ligure, che straordinariamente non prelevò la preziosa immagine mariana. Questo evento rinsaldò tra la popolazione il culto dell'immagine e della sua raffigurazione.
L'attuale campanile fu eretto nel 1898. Il 10 gennaio del 1903 fu costituita la locale parrocchia, con il titolo di Rettoria distaccandola dal precedente controllo della parrocchia di Santo Stefano, dal primo vescovo della diocesi di Chiavari monsignor Fortunato Vinelli, appellando così il nuovo titolo di chiesa parrocchiale e in seguito quello di santuario. Verrà solo successivamente dichiarata monumento nazionale italiano.