La nascita del Santuario, collocato su un'altura che domina il paese di San Giovanni a Piro, in provincia di Salerno, è legata a una leggenda che narra dell'apparizione della Vergine a due pastorelli che avevano smarrito un agnello presso una fonte, situata ai piedi di una grande roccia, la cui acqua, conosciuta come “Acqua della Manna”, viene ancora oggi somministrata agli infermi poiché ritenuta miracolosa. Sulla punta della roccia, intorno al 1200, i monaci Basiliani del Cenobio di San Giovanni Battista scolpirono la statua della Madonna, formando un solo corpo con la nicchia incavata nella pietra. La statua ricorda, per molti versi, caratteristiche dell'iconografia bizantina: le sue spalle sono orientate a est e lo sguardo della Madonna è rivolto verso l'infinito. Il bambino, inoltre, si trova in piedi sulle ginocchia della Madre che alza la mano destra in segno di benedizione.
La cappella rupestre, con una piccola abside semicilindrica dedicata alla Vergine, fu in seguito ingrandita dai devoti come ringraziamento per i benefici avuti e affidarono a lei la protezione del paese di San Giovanni a Piro. Della costruzione originaria, oggi rimane solo una parte dell'abside. Il primo restauro fu effettuato nel XVII secolo, quando l'edificio dipendeva dall'antica Abazia Basiliana. Il secondo restauro, che prevedeva anche un ampliamento, risale alla prima metà del XVIII secolo, quando fu costruita l'unica navata per accogliere l'assemblea, disallineata rispetto al presbiterio che fu realizzato sull'asse est-ovest, secondo la tradizione bizantina.
Nel ‘700 la chiesa si arricchisce di quattro altari con le relative statue lignee di San Gaetano, Sant'Antonio da Padova, San Francesco di Paola e San Giuseppe. Nel 1755 viene eretto l'altare, in pregiati marmi policromi, della Madonna di Pietrasanta. Nella seconda metà del secolo scorso vengono effettuati diversi interventi di restauro che riguardano i dipinti della volta del soffitto e del presbiterio. Il 13 maggio 2007 alla base del nuovo altare sono state poste le reliquie di San Francesco d'Assisi e Santa Caterina da Siena, patroni d'Italia, di San Cono monaco e San Pietro vescovo, compatroni della Diocesi, del Beato Domenico Lentini da Lauria, sacerdote diocesano, e di San Marcellino, sacerdote e martire.