Il santuario è stato edificato tra l'anno 1950 e l'anno 1954 ed è un edificio a navata unica e matroneo con cripta sotto il presbiterio.
Il complesso è impreziosito dal ciclo di affreschi della Passione di Cristo, dipinti da Theodore Stravinsky, figlio del compositore e pittore di fama internazionale.
Il percorso per arrivare al santuario è un itinerario di meditazione con le "stazioni" della Via Crucis (quattordici ceramiche di don Coltellini, completamente immerse nei boschi) che, con 700 metri di strada selciata di granito rosa e grigio, porta dall'esedra fino allo scalone d'ingresso. Vicino alla XXIV stazione, un granitico torchio, stemma del Getsemani, sta a ricordare l'antico orto del frantoio. Dalla pensilina un ampio panorama si apre sui Corni di Nibbio con le cave del duomo di Milano, sul monte Zeda e fino al lago Maggiore e al lago d'Orta.
A meridione del corpo curvo del Getsemani, vicino al laghetto dei pesci rossi, una doppia scalinata porta alla cappella dello Spirito Santo: un'ardita e snella costruzione, un originale e suggestivo tempietto di architettura moderna a forma di vela bianca che ben si integra nel grandioso e audace complesso a forma di nave.