Probabilmente fondata dai Goti e arricchita dai Longobardi, che nutrivano una particolare devozione per la Santa Siciliana, Sant'Agata venne inglobata nella cerchia muraria cittadina nel XIII secolo, col ridisegno urbanistico degli Angioini, e rifondata. Della nuova chiesa restano ancora il portale gotico, le monofore murate nel fianco destro e importanti testimonianze lapidee. Sulla cuspide del portalino è collocato lo stemma in pietra dei baroni Henrici, che vi godevano diritto di sepoltura. L'interno è piccolo, a una sola navata coperta a botte lunettata, e decorato con stucchi di gusto neoclassico. Degni di nota la pala maggiore con il Sacrificio di Sant'Agata, dipinto nel XVIII secolo da Donato Teodoro per celebrare le nozze di Paolo Henrici con una Dandolo, e soprattutto il possente Cristo Crocifisso ligneo del ‘600 custodito in sagrestia.