L’isolotto su cui la Chiesa sorge fu probabile scalo marittimo fenicio, cartaginese e poi romano, divenendo quindi sede della capitale del Giudicato di Cagliari fino al 1258, allorché Santa Igia venne rasa al suolo dai Pisani. Dell’epoca romana restano alcune cisterne, mentre testimonianza della frequenza altomedioevale è un vasto ambiente con volta a crociera sorretta da un’unica colonna centrale.