Di origini etrusche, l'antica città di Castro sarà eletta a capitale dell'omonimo Ducato, istituito da Papa Paolo III Farnese il 31 Ottobre 1537 in favore del figlio Pierluigi. La città, considerata un capolavoro di arte rinascimentale, sarà abbellita, principalmente, dalle architetture di Antonio da Sangallo. Tra queste, un pozzo simile a quello di San Patrizio ad Orvieto. La città sarà distrutta dalle truppe di Papa Innocenzo X nel 1649.
L'area archeologica, istituita negli anni sessanta, è ora proprietà del Comune di Ischia di Castro, nel cui territorio ricade l'area.