Il FAI opera su tutto il territorio nazionale attraverso la sede centrale di Milano in via Carlo Foldi 2 e l'Ufficio di Roma in via delle Botteghe Oscure 32, e grazie a una rete capillare di volontari organizzati in 122 Delegazioni, a loro volta guidate da 17 Segreterie Regionali.
La divisione FAI International, invece, si occupa di stabilire un’intensa e vasta rete di attività coinvolgendo numerose organizzazioni culturali europee e internazionali.