Il Museo di Iola si trova nell'alto Appennino Modenese, all'immediato confine con la provincia di Bologna e a circa 3 chilometri dall'abitato di Montese, lungo la provinciale che da Castel d'Aiano porta a Gaggio Montano. Il paese, circondato da boschi di castagni, si trova a 920 metri sul livello del mare, ai piedi del Monte Terminale (1.005 metri) ed è collocato sul crinale montuoso che si affaccia a est sulla valle del fiume Reno e ad ovest sulla valle del fiume Panaro e sul Monte Cimone. Dalle vicinanze dell'ampia piazza del paese di diramano diversi sentieri che si immergono per decine di chilometri in boschi rigogliosi.
Il Museo è collocato nell'antica canonica, la cui costruzione risale al 1683, dell'adiacente chiesa edificata nel 1630. Sotto il dominio dei Montecuccoli del ramo di Montese dal XIII secolo al 1668, durante la Seconda guerra mondiale, nell'inverno 1944/1945, la zona fu centro di sanguinosi combattimenti e sia la chiesa che la canonica subirono seri danni. Iola fu il primo paese del Modenese ad essere liberato il 3 marzo 1945 dai soldati della 10a Divisione da Montagna degli Stati Uniti. All'inizio degli anni 50 gli edifici vennero ristrutturati e la chiesa ampliata.
Le relativamente recenti ristrutturazioni del 1992 e gli ampliamenti del 2010 sono stati eseguiti cercando di mantenere il contesto originale dell'architettura: pavimenti in legno di castagno, finestre di piccola superficie per disperdere una quantità minima di calore, architravi in legno, intonacatura al grezzo, tegole fatte a mano. Nel 1992 la canonica divenne sede dell'esposizione Raccolta di Cose Montesine: ricostruzione di ambienti e oggetti d'uso quotidiano tra il 1850 e il 1950. Dal 2010 al primo piano sono esposte le collezioni Memorie d'Italia: equipaggiamenti e oggetti d'uso quotidiano dei soldati durante la Seconda Guerra Mondiale.