Nel XIII secolo, qui esisteva un convento francescano con annessa chiesetta dedicata a San Francesco d'Assisi, che dà il nome alla Villa e di cui oggi non resta più nulla.
C'erano, inoltre, fondi coltivati e il più antico parco ornamentale documentato a Varese.
Con la soppressione giuseppina, nel 1795 il complesso venne acquistato dal marchese Benigno Bossi.
Il conte Giorgio Clerici lo rilevò, poi, nel 1810 per erigervi l'attuale villa, utilizzando anche parte delle mura del convento, e facendo costruire un giardino all'inglese, ampliando i confini del parco.
Alla morte di Clerici, nel 1819, la tenuta passò a Carolina Pozzi, moglie di Giovanni Mozzoni, poi col matrimonio fra Marianna Mozzoni e Callisto Veratti, a quest'ultima famiglia.
L'edificio ha pianta rettangolare, con un cortile interno porticato, che ricorda un chiostro ed è abbellito da un meraviglioso glicine e si apre sul giardino.
La facciata è rivolta verso il parco e suddivisa in tre campate con un corpo centrale a quattro lesene e decorato con un timpano.