Nello sviluppo urbano che vede la formazione del Borgo ottocentesco di Giovinazzo oltre il nucleo medievale, il Palazzo Messere costituisce con gli altri nobili palazzi, il nuovo confine della cittadella medievale, fino ad allora cinta e separata dalla terra dalle antiche mura difensive. A partire dal 1861, il Comune bisognoso di denaro per costruire il Palazzo Municipale nella piazza del Borgo, dichiarò edificatori i terreni liberati dalle mure urbiche, che venduti alle nobili famiglie furono utilizzati per costruire le loro dimore (Marziani, Daconto, Maldari). Una nuova quinta scenica palazziale struttura così la via di Santa Maria degli Angeli e le antiche fossate che sono dominate, per mole, dal Palazzo Messere. Voluto da Mauro, sui suoli situati proprio di fronte alla sua antica abitazione e messi in vendita dal Comune, il Palazzo con gli appartamenti, i grandi saloni affrescati e le imponenti scale, fu edificato tra il 1864 e il 1867, per ospitare la famiglia a partire dal 1870.