Nella città dell’XI secolo San Mercuriale era l’unico monastero femminile compreso entro le mura. E utilizzava parte della cinta muraria come struttura perimetrale del monastero. La chiesa è ricordata già nel X secolo. Nel corso del XII secolo il monastero aveva raggiunto un certa floridezza accentuatasi nel Duecento e Trecento. Tra Seicento e Settecento si attuarono grandi operazioni di restauro ed ampliamento del complesso. In questa fase fu redatta la così detta Sala delle Virtù probabile refettorio del convento, ornato di figure allegoriche attribuibili al pittore Piastrini. Le monache esercitavano un’apprezzata attività di confezione di dolci che costituiva una significativa risorsa economica per la vita del monastero. Dopo la soppressione (1808) e l’abbandono delle benedettine il complesso è stato parzialmente utilizzato come scuola elementare, per abitazioni e magazzini. Attualmente è sede del Tribunale e della Procura della Repubblica di Pistoia.