Fu fondato nel 1288 da Folco Portinari, il padre di Beatrice amata da Dante, su suggerimento di Monna Tessa, la governante di famiglia che qua è sepolta. Si tratta di una delle più antiche e importanti istituzioni assistenziali fiorentine, che divenne nel corso dei secoli assai ricca e potente, grazie ai numerosi lasciti e alle donazioni, potendo fra l'altro contare su numerose chiese dipendenti sparse su tutto il territorio toscano. L’ospedale vanta anche un ricco corredo artistico grazie alla profusione di decorazioni da parte di alcuni dei migliori artisti fiorentini che nel corso dei secoli abbellirono le due aree, maschile e femminile, in cui l’ospedale era all’epoca suddiviso. Al Quattrocento, periodo di particolare floridezza economica per l’ospedale, che nel 1419 ricevette la visita di Papa Martino V, risalgono l'aggiunta del chiostro delle Medicherie a opera di Bicci di Lorenzo, la realizzazione di una terracotta con la Madonna col Bambino attribuita a Michelozzo.