L’Orto Botanico del Museo di Storia Naturale del Mediterraneo, realizzato negli spazi retrostanti la Villa Henderson un tempo coltivati ad ortaggi, è strutturato in modo da ricostruire alcuni ambienti caratteristici del mediterraneo e del territorio della provincia di Livorno. In particolare. Sono stati riprodotti, a partire dal tipo di suolo, gli ambienti tipici delle vulcaniti dell’Isola di Capraia, dei suoli ofiolitici dei Monti Livornesi, dei graniti dell’Isola d’Elba, dei calcari di Campiglia Marittima, delle arenarie di Calafuria (Livorno) e delle dune litoranee toscane. A questi ambienti si aggiungono poi una zona umida con le specie tipiche degli stagni retrodunali e un terrazzamento a olivo, ambiente artificiale caratteristico del paesaggio mediterraneo ormai da millenni. L‘Orto è dotato di una piccola serra e di una stazione meteorologica per il monitoraggio dei dati micro-climatici. La sezione dedicata alle piante oFficinali di uso popolare in Toscana conta 62 specie.