La Compagnia di San Giovanni Decollato, detta della Misericordia, venne istituita nel 1428. La confraternita era anche comunemente nota con il titolo di "Giovanni degli Impiccati", in riferimento all’attività caritativa a cui si dedicava: l’assistenza ai condannati a morte. La primitiva chiesa di questo sodalizio era situata nel rione Puelle. La confraternita si estinse nel 1469, ma venne istituita di nuovo il 25 marzo 1565 su iniziativa di Giovanni Battista Orfini e Vincenzo Cantagalli, seguiti da centoventi cittadini folignati. Il cambiamento di sede, dal rione delle Puelle a quello della Mora, avvenne nel 1569 quando, per il gran numero di adesioni, la sede in via delle Puelle fu giudicata troppo piccola e i confratelli ottennero la sede della Confraternita di Santa Maria e di San Francesco, dove fecero costruire una nuova chiesa.