Istituito il 18 febbraio del 1813 da Gioacchino Murat fu fortemente voluto da Giosuè Sangiovanni, scienziato e patriota che per la sua adesione ai moti del 1799, fu esule a Parigi dove conobbe Lamarck da cui apprese le teorie evoluzionistiche che diffuse con coraggio al suo rientro a Napoli. La conduzione e le linee di sviluppo del Museo Zoologico, nei suoi due secoli di storia, hanno rispecchiato la cultura scientifica dominante e, oltre allattenta cura e conservazione delle collezioni, ha svolto e svolge attività di ricerca e di comunicazione scientifica assumendo un ruolo guida nel promuovere l'etica della salvaguardia dellambiente.
Il Museo Zoologico, attualmente, occupa parte dei locali dell'ex Collegio Maggiore dei Gesuiti ed è costituito da un salone Maggiore e Salone Minore.
Fra le numerose Collezioni esposte nel Museo, quella dei Vertebrati contribuisce oggi, in modo preponderante, alla parte ostensiva del Museo. È costituita da più di mille esemplari in pelle che sono stati immessi nel Museo sin dalla sua fondazione. Essa comprende un discreto numero di rappresentanti per ciascuna delle classi di Vertebrati, ma è soprattutto ricca di Uccelli e Mammiferi. Tra gli esemplari di maggiore interesse storico e scientifico ricordiamo: la colomba dellisola Norfolk, ora estinta; lwallabi dallunghia lunata, pticcolo canguro estinto; il leone berbero, anchesso estinto; la foca monaca catturata probabilmente nel Golfo di Napoli; la collezione di scimmie sudamericane; la tigre siberiana; la femmina di okapia, rarissimo ungulato africano affine alla giraffa, scoperto solo allinizio del nostro secolo; il piccolo cervo di Kulion. Nel Salone minore del Museo sono esposti, tra laltro, circa quaranta esemplari di una collezione defnita di gran pregio una volta formata da centinaia di uccelli, donata al Museo dal medico Mario Schettino, appassionato di ornitologia. Anche il materiale della Collezione Malacologia del Mediterraneo, oggi presente nel Museo,è di notevole importanza perché è una rassegna esauriente delle specie viventi nel Bacino Mediterraneo; tra i reperti più interessanti va annoverata la patella ferruginea proveniente dal Golfo di Napoli attualmente estinta.