Il Museo accoglie il relitto del DC-9 partito da Bologna e abbattuto il 27 giugno 1980, oggetto ora di un'installazione permanente dell'artista francese Christian Boltanski. Visite guidate e documentazione di progetti culturali dedicati alla tragedia di Ustica sono le principali attività del Museo, sorto grazie alla determinazione dell'Associazione dei parenti delle vittime.