Nel 1887 il museo sotto la tutela dello stato divenne Nazionale e dal 1913-14 trovò sede nell’antico monastero di San Vitale, di cui si hanno testimonianze già dal X sec., ma di cui non si hanno documentazioni certe. Tuttavia è nota la data della costruzione del monastero rinascimentale, il 1472, di cui è parte il primo chiostro, o chiostro della cisterna. Venne edificato quando la Repubblica di Venezia concesse ai monaci benedettini l’esenzione da dazi per ricostruire l’antico monastero, di cui si conservano dei resti proprio in questo chiostro.
Nel Primo chiostro vi sono monumenti scultorei e di carattere epigrafico.
Nel secondo chiostro dalle colonne binate, costruito nel 1562 su disegno di Andrea Della Valle, sono raccolti monumenti scultorei ed architettonici di età romana, paleocristiana, bizantina, romanica, gotica, rinascimentale e barocca.