Il Museo Diocesano e Cripta di San Rufino, istituito nel 1941, nasce come emanazione della Diocesi assisana e del Capitolo della Cattedrale di San Rufino, dei quali esprime l’identità storica ed ecclesiale, nonché il riflesso nell’arte. Il Museo conserva e promuove i preziosi beni artistici della Diocesi e della cattedrale, valorizzandone il significato storico e religioso; l’incontro con la bellezza delle opere d’arte diviene nel nuovo contesto architettonico, aperto al pubblico dal 2006, un’esperienza ricca e densa di significati. Completano la visita al Museo il Chiostro e la Cripta di San Rufino, entrambi dell’XI secolo. La cripta, suggestivo ambiente posto sotto la navata della Cattedrale, è uno dei luoghi dove Francesco si ritirava in preghiera quando predicava in Cattedrale. Attiguo alla Cattedrale e al Museo Diocesano è l’Archivio Capitolare, che conserva un’importante raccolta di pergamene, di cui la più antica risale al 963, ed alcuni codici liturgici miniati (secoli XIV-XV)