Situato al piano nobile del Palazzo Vescovile, il Museo è composto da dieci sale, in cui si trovano opere che illustrano la storia millenaria della Diocesi di Bobbio e della sua Cattedrale. Di particolare interesse il Salone dei Vescovi, affrescato con medaglioni raffiguranti tutti i vescovi che si sono succeduti sulla Cattedra bobbiese, e la Sala del Tesoro del Duomo, con opere di intaglio ligneo, oggetti di oreficeria, suppellettili e paramenti liturgici.