E' un luogo unico in Italia, un gioiello europeo. Vi sono numerosi reperti originali e documenti della storia e tradizione dei barcari della navigazione fluviale.
Il Museo è situato a Battaglia Terme, un borgo rivierasco ai piedi dei Colli Euganei, all'epoca fra i maggiori porti fluviali italiani. E' attraversato da corsi d'acqua importanti, vie essenziali un tempo per i commerci grazie ai trasporti sui burchi, imbarcazioni che navigavano fino a Venezia o in tutta la pianura padana.
Il Museo Civico della Navigazione Fluviale è una raccolta di imbarcazioni, parti di esse, modellini e oggetti della vita di bordo dei barcari, uomini che più che un mestiere, avevano abbracciato uno stile di vita.
Tutto il borgo di Battaglia Terme è un Museo Diffuso. Una delle più belle occasioni per scoprirlo è la visita guidata in barca o a piedi. Si può scegliere fra diversi percorsi e imbarcazioni: a motore o a remi, seguendo la gloriosa tradizione della voga veneta. Uno dei passaggi più interessanti è la Conca di Navigazione, maestosa opera idraulica ancora oggi in funzione, che permette alle imbarcazioni di superare un salto d'acqua di oltre 7 metri.