Museo realizzato in seguito al restauro di alcuni ambienti sotterranei della Basilica Cattedrale di Monopoli, con la creazione di un percorso espositivo che attraversa interamente l’edificio settecentesco in corrispondenza del transetto.Le ricerche archeologiche hanno consentito di raccogliere documentazione sull'evoluzione storica della città e sulle molteplici forme di occupazione nei secoli: dai resti della cripta della Cattedrale romanica, costruita dal vescovo Romualdo nel XII sec., alla tomba di bambino (III sec. a.C.)ricavata accanto ad una fossa destinata a offerte votive, alle tombe a semicamera (V sec. a.C.).
La fase più antica è costituita delle buche da palo, riferibili alle capanne dei primi abitatori del sito (XV sec. a.C.).Il percorso espositivo del museo costituisce un autentico viaggio nel tempo e nella storia. Le testimonianze di arte sacra sono esposte in un luogo ove si conservano resti archeologici monumentali assieme ai reperti che che vi sono stati rinvenuti.