Il nuovo Museo della Città si trova dentro il Palazzo della Bonifica (costruito tra il 1780 e il 1785 sui resti di una basilica forense romana), che Pio VI volle come centro propulsivo dei lavori di disseccamento della palude pontina. Al suo interno il museo archeologico, che presenta anche il nucleo originario della collezione di antichità del museo, la raccolta di Pio Capponi, appassionato cultore della storia locale. La collezione esposta nel museo è una raccolta di reperti archeologici che vanno dalle prime testimonianze di presenza umana a Terracina dal paleolitico superiore (resti di fauna fossile ed industria litica emersi in località Riparo Salvini) all'epoca romana. È proprio lo sviluppo storico della presenza romana che costituisce il nucleo più consistente della raccolta, tipologicamente eterogeneo. Alle varie epigrafi che documentano una sviluppata società civile si sommano una serie di ritratti di età tardo-repubblicana ed imperiale, nonché molte sculture a figura intera.