Il museo è collocato in un contesto architettonico straordinario, l'ex convento del Monastero Maggiore di San Maurizio, dove si conservano resti significativi della Milano Romana, tra cui una torre poligonale delle mura di III secolo, poi ornata da un importante ciclo di affreschi del XIII secolo. Il museo, di cui è prevista l'apertura di nuovi allestimenti a marzo 2011, presenta diverse sezioni dedicate alla Milano Romana, al mondo greco, etrusco, alla Lombardia altomedioevale e all'arte del Gandhara.