Il museo dell'Accademia di Belle Arti Pietro Vannucci nasce nel 1573 quando arrivano le copie tratte dalle sculture originali della Cappella medicea di Michelangelo, primo fondamentale nucleo della Gipsoteca. Il museo incrementa la sua collezione, a fini didattici per i suoi studenti, con le copie del Discobolo, dell’ Apollo del Belvedere dei frammenti del fregio ionico del Partenone e anche con il mirabile gruppo del Laocoonte. Il Canova, ispirato dalla bellezza classica donerà all' istituzione perugina il gesso delle Tre Grazie. Se la gipsoteca costituisce il nucleo del MUSA, il museo possiede anche importanti collezioni di incisioni, disegni e dipinti. Fra i dipinti troviamo opere di Brugnoli, Mafai, Burri e Dottori. Il ricco patrimonio del museo si è formato nel corso dei secoli grazie alle donazioni dei privati ma anche degli allievi delle varie sezioni d’indirizzo che lasciano le opere eseguite per le prove di fine anno. Il museo è stato riorganizzato e riaperto nel 2012.