Moglia capoluogo compare per la prima volta in due documenti del 20 febbraio 1337: sono concessioni di pezze di terra date in feudo onorifico da Luigi Gonzaga, primo capitano di Mantova, a certi Paolo Scopa Nigra e Pietrobono delle Navi.
Il suo nome è la versione moderna della forma medioevale Molea, che secondo Giovanni Tassoni deriva dal tardo latino molleus, ossia melmoso, per cui stava ad indicare una zona dove ristagnava l'acqua.