La roccia su cui sorge Pietracupa si formò cinquanta milioni di anni fa in fondo al mare: è ricca, infatti, di molti fossili marini. Il suo nome è "la Morgia".
Il nome "Pietracupa" è latino e significa "pietra bucata": ciò vuol dire che già nell'epoca romana nella roccia esistevano delle grotte. Verso l'anno Mille sulla cima della Morgia
fu costruito un castello di cui ormai restano poche tracce. In quell'epoca il castello non era più abitato dai baroni de Regina e gli antenati delle famiglie ancora esistenti, pur nella grande povertà di quei tempi, costruirono case intorno alle mura abbandonate, organizzarono l'Università, il governo del paese con il parlamento dei capifamiglia, fondarono un Pio Ospedale, ricovero per pellegrini, malati e mendicanti.
I de Regina furono sostituiti nel 1600 dal barone d'Eboli di Castropignano e a metà del secolo, la baronessa d'Eboli Lucrezia Rocco venne ad abitare in un casale oggi detto "Casalotto" ai piedi della Morgia, ma poi vendette Pietracupa al marchese Paolo Francone di Salcito per 10.500 ducati facendo osservare che i vassalli, grazie alla buona aria del posto, producevano molto lavoro per il signore fino a tardissima età. Poco più tardi l'Università e il Pio Ospedale fecero scavare nella roccia la nuova chiesa di Sant'Antonio Abate a cui facevano capo i Monti frumentari per prestare sementi ai bisognosi e altro.
Nonostante ciò una grande carestia uccise nel 1764 gran parte della popolazione. Alla fine del 1700 il paese fu aggredito più volte dai briganti di Trivento e Pietravalle e nel 1799 fu occupato dalle truppe della Francia rivoluzionaria. Finalmente nel 1806 i "re francesi" mandati da Napoleone misero fine al regime feudale e i pietracupesi fecero costruire nel 1814 il campanile sulla Morgia come segno di autonomia civica.