Nella biblioteca Ambrosiana, una delle prime biblioteche pubbliche della storia ed una delle più importanti ancora oggi per dimensioni e pregio della collezione, è conservato anche il Codice Atlantico, la più ampia raccolta di disegni e scritti di Leonardo da Vinci, comprendente 1119 fogli raccolti in 12 volumi. Il Codice tratta, mediante testi e disegni, di anatomia, astronomia, botanica, chimica, geografia, matematica, meccanica, architettura. La sala 23 della Pinacoteca ospita inoltre il Museo Settala, ovvero la collezione di Manfredo Settala donata nel 1751; si tratta di una raccolta scientifica di gusto enciclopedico, con animali esotici imbalsamati, scheletri di uccelli e pesci rari, conchiglie, crostacei, coralli, cristalli, pietre dure, fossili, strumenti scientifici, orologi, astrolabi, reperti di civiltà precolombiane e altri oggetti: un esempio tipico di Wunderkammer.