La chiesa medievale fu fondata probabilmente alla fine dell'XI sec. e parzialmente abbattuta cinque secoli dopo per favorire la costruzione dell'attuale chiesa soprastante. Il percorso sotterraneo si apre con i muri perimetrali della chiesa medievale e parti delle fondamenta dell'edificio superiore costruito nel XVI secolo. Nel sito sono conservati i reperti trovati durante le attività di scavo condotti a partire dal 1982: si possono osservare monete, medaglie votive, ceramiche e oggetti di uso comune e il reperto archeologico più antico consiste in una moneta di bronzo di Romano III Argiro (1028- 1034). L'edificio era a pianta basilicale a tre navate, delle quali quella centrale absidata. Proseguendo il percorso esplorativo si giunge al sagrato della chiesa mediavale dove sono visibili una vera da pozzo e l'interno di una cisterna, visibile attraverso le lastre di cristallo a pavimento poste durante i lavori di recupero dell'area. L'epigrafe di fondazione riporta che la chiesa fu dedicata alla Vergine e a San Giovanni Battista da Leone "dialettico e sacerdote".
Il perimetro della chiesa racchiude 19 sepolture a sezione rettangolare e scavate nel banco roccioso.
Con molta probabilità la chiesa era completamente affrescata in quanto molte sono le tracce e parti di affresco disposti lungo tutte le pareti dell'edificio.