Il Lazzaretto fu costruito agli inizi del sec. XIX per iniziativa del tenente generale Giovan Battista Fardella. Sorge sull'isola di Sant'Antonio, oggi unita alla terraferma, dove nella prima metà del sec. XIII venne edificata la Chiesa di Sant'Antonio del Mare, che aveva la funzione di ospitare gli equipaggi delle barche sospette, presunti portatori di epidemie, per il periodo di quarantena. La chiesa fu distrutta nel sec. XVI, probabilmente per la sua posizione strategica. Nel medesimo sito, nel 1838 venne edificato il nuovo lazzaretto, opera dell'architetto Antonio Gentile, a seguito dell'epidemia di colera dell'anno precedente. Il complesso, che si presenta come una grande esedra, fu utilizzato in occasione delle altre epidemie di colera del 1854 e del 1867. Nel 1885 il lazzaretto cessò la sua attività di contumacia. Oggi è sede della sezione locale della Lega Navale Italiana.