Una delle prime chiese cristiane sorte in Liguria. Lo sviluppo edilizio e religioso del santuario è quindi iniziato con l'arrivo dei Benedettini che riconsacrando la grotta al culto della Beata Vergine Annunziata, ricostruirono l'antico altare in legno, collocandovi un'immagine della Madonna, probabilmente arrivata da Oriente come altre immagini che si trovano nella Riviera Ligure. La tradizione popolare, ricordata nel libro dei conti tenuto dai massari del santuario fin dal 1570, vuole invece che il quadro sia stato consegnato direttamente dalla Vergine Santissima ad una pastorella, muta dalla nascita, che a seguito dell'apparizione riacquistò la parola. Questo quadro andò distrutto in pochi anni dall'umidità, venne quindi sostituito nel 1589 con un altro quadro del pittore Bernardo Castelli di Genova. Il prevosto Don Francesco Oliva per proteggere dall'umidità sia il quadro sia l'altare, fece costruire sopra di questo la volta in muratura. Nonostante il riparo anche il quadro del Castelli venne rovinato in pochi anni dall'umidità; allora il Reverendo Don Antonio Bottini ed i massari del santuario Marco Antonio Torre e Antonio Carbone pensarono di sostituire la pittura con la scultura, e nel 1608 commissionarono l'opera allo scultore Oberto Casella di Genova. Questi realizzò due statue a grandezza naturale in marmo bianco di Carrara, una rappresentante la Beata Vergine inginocchiata in atteggiamento di preghiera, e l'altra rappresentante l'Arcangelo Gabriele nell'atto dell'Annunciazione.