Sebbene nelle circostanti campagne siano affiorati reperti dell'età del bronzo e di epoca romana, Finale come borgo nasce soltanto all'inizio del secolo XI (le prime notizie risalgono all'anno 1009 e sono riportate in un documento nonantolano che  estimonia l'esistenza di un castrum chiamato Finalis in località San Lorenzo).

Da sempre terra di confine, come indica il suo nome, esso fu fortificato dai Modenesi nel 1213 e nel 1306; di tali fortificazioni medioevali sussistono la Torre dell'Orologio, il mastio del Castello delle Rocche e parte delle mura.

Nel Quattrocento il castrum primitivo cominciò ad ampliarsi oltre le mura e la sua popolazione aumentò vistosamente.

L'incremento delle attività commerciali ed artigianali, unito alla facilità dei trasporti, attirò a Finale gli ebrei, che vi si insediarono nel 1541 dando vita ad una fiorente comunità. Dopo l'abbattimento delle mura, che avvenne nel 1554, il paese si ampliò ulteriormente acquisendo nuove strade ed edifici, tra i quali spicca oggi la chiesa del Rosario.

Oltre lo spazio occupato anticamente dalle fosse furono eretti magnifici palazzi nobiliari e nei primi decenni del Seicento si edificarono ben quattro conventi (Santa Chiara, la SS. Trinità, San Francesco d'Assisi, San Francesco di Paola), che vennero ad aggiungersi ai due già esistenti degli agostiniani e dei cappuccini. Oltre ai conventi, nel Cinquecento e nel Seicento sorsero numerose chiese: otto sono presenti attualmente, sei delle quali aperte al culto.

Per il suo aspetto romantico di città d'acqua, attraversata da tre canali e otto ponti, Finale si guadagnò l'appellativo di Venezia degli Estensi. Rimasto dal 1288 al 1859 sotto il dominio della Casa d'Este, ottenne nel 1779 da Francesco III, duca di Modena, il titolo di città.
Nel 2012 il patrimonio artistico di Finale Emilia è stato gravemente danneggiato dal terremoto che ha colpito tutta la Bassa modenese. Le scosse hanno causato il crollo della Torre dei Modenesi in piazza Baccarini, di buona parte della Rocca, del Palazzo Veneziani e della parte superiore del Duomo. La maggioranza dei danni si è avuta con la scossa del 20 maggio, mentre quelle successive hanno causato danni minori; la città fu proprio l'epicentro della scossa principale del 20 maggio, di magnitudo 5.9.