Su commissione di Cosimo I de Medici che nel 1547 venne disegnata la prima bozza del Canale dei Navicelli, un progetto che riqualificava l’intera area pisana, ormai in declino a causa del progressivo interramento del porto. L’opera, completata nel 1576, divenne subito la principale via commerciale e di collegamento tra Pisa, il neonato Porto di Livorno e Firenze. Sotto i Lorena vede il suo periodo di massimo sviluppo e potenziamento, opere di ingegneria idraulica incrementarono il traffico navale, permettendo al Canale di diventare il centro economico-commerciale della costa toscana, un primato che si protrasse fino alla prima età industriale. L’Ottocento con la nuova linea ferroviaria, divenuta la maggiore via di comunicazione, vede il suo progressivo declino ed abbandono dei Navicelli. Solo nel 1982 grazie all'intervento del Comune di Pisa e alla Navicelli Spa l’area è tornata ad essere un centro economico in cui operano imprese specializzate nella costruzione di imbarcazioni.