La cripta di San Decenzio si trova all'interno dell'attuale cimitero cittadino nella parte sottostante dell'omonima chiesa. Fu eretta intorno al IV secolo d.C. dalla prima comunità cristiana dell'antica Pisaurum come cella funeraria in onore dei martiri Decenzio e Germano. Alla seconda metà del Trecento risale l'intervento gotico sulla facciata e sul portale della chiesa che ha subito modifiche anche nei secoli successivi, in particolare quelle settecentesche effettuate dall'architetto pesarese Giannandrea Lazzarini. Ulteriori lavori avvennero anche nei due secoli successivi e dell'impianto originario resta solo la cripta che era ornata da bellissimi affreschi.