Il convento fu edificato nel 1579 su una preesistenza del XIV sec. e ne fu promotore Padre Maestro Francesco di Oyra (Oria).
La chiesa, con annesso chiostro, è stata rimaneggiata nella parte posteriore tra il XVI ed il XVII sec., grazie a Padre Maestro Tommaso de Cipro, che ne aveva promosso l'ampliamento. Il portale risale al 1651.
La "Cripta della Favana", un tempo circondata da una vasta zona boschiva, la cripta, sita nei pressi della "via dei Messapi" o "via vecchia di Manduria", scavata in un banco calcarenitico, fu custodita successivamente dai Frati Minori, del vicino convento. La cripta, dedicata a S. Maria di Veglie, è riconducibile al sec. IX ed i cicli pittorici, dei secoli successivi, sono un notevole esempio di pittura bizantina. La cripta è di forma rettangolare, misura m. 5,50 di lunghezza x m. 3,30 di larghezza ed ha un'altezza di m. 2,20 con soffitto piano, un tempo completamente ricoperto di affreschi. I cicli parietali, anche se rovinati dalle infiltrazioni di acqua, sono ancora visibili; su un fondo rosso, raffigurano Dio Padre, simbolo della Trinità, seduto su una panca con veste e manto bianchi, con bordi ricamati. Dio Padre è affiancato dai quattro Evangelisti; la Vergine col Bambino, S. Stefano, S. Antonio da Padova, S. Michele Arcangelo, la Trinità, S. Francesco, S. Antonio Abate, S. Andrea, Cristo tra i SS. Pietro e Paolo, la Vergine allattante. I Santi raffigurati appartengono ai culti greco e latino ed esprimono l'intreccio culturale che ha contraddistinto molti insediamenti rupestri del Salento.
L'appellativo "Favana" è legato al favismo, malattia molto diffusa in passato per la presenza in loco di vaste aree coltivate a fave. Nella chiesa del convento, in epoca precedente al sec. XVI, i fedeli accorrevano numerosi per chiedere grazie contro "il male della fava".