La cripta della Cattedrale, con il suo suggestivo impianto a croce greca, rappresenta il nucleo più antico della chiesa. Secondo recenti ipotesi conserverebbe tracce del passaggio dei Templari nell'antica Montepeloso, come confermerebbe il fatto di trovarsi lungo le vie del pellegrinaggio in Terra Santa; l'immagine scolpita su pietra di un monaco identificabile con San Bernardo di Chiaravalle (figura legata all'Ordine dei Templari); ma soprattutto la presenza di un "fiore della vita" o "margherita templare" che la farebbe annoverare tra le Cattedrali solstiziali. La cripta fu poi usata come ossario fino all'editto napoleonico che imponeva la costruzione dei cimiteri fuori le mura cittadine.