Nonostante la presenza di caverne sul territorio cotronellare potrebbe far pensare a un'origine antica, le origini di Cotronei risalgono con alta probabilità al periodo medievale. Nello specifico, alcuni studiosi attribuiscono la costruzione di Cotronei alla necessità degli abitanti di Cotrone di avere un avamposto di controllo e segnalazione in caso di un'invasione dalla terra, fondazione che altri studiosi datano al XIII secolo. Durante il fascismo, la realizzazione della centrale idroelettrica di Timpagrande diede un forte impulso alla crescita di Cotronei rispetto ai comuni limitrofi. Il Cantante degli Aerosmith, Steven Tyler ha origini del suddetto paese