Il Santuario ha un buon fondamento storico per essere considerato il più antico luogo di culto dedicato al Santo di tutto il mondo. Infatti dai documenti risulta che la primitiva chiesetta, fatta erigere dal Santo stesso in onore della Madonna (1227 circa), fu consacrata a Lui nel 1248, 17 anni dopo la sua morte (1231) e alcuni decenni prima dell’inaugurazione della celebre Basilica di Padova.
Andato distrutto, a causa degli eventi sismici del ’76, il Santuario è stato ricostruito in linee architettoniche moderne, ma al suo interno, ad unica navata, conserva ancora alcuni ruderi della chiesetta duecentesca.
A colpire il visitatore sono senza dubbio: l’enorme mosaico della parete di fondo raffigurante il Mondo e l’Universo attraversati da una meteora – la luce di Cristo -, la Cappella Penitenziale e lo splendido rosone laterale realizzato “a mosaico” utilizzando tessere di alabastro e vetro dove si “legge” il Cantico delle Creature di San Francesco.