I frati cappuccini, fondarono nel 1574, il loro primo convento, edificandolo su un terreno donato dal sacerdote don Giovanni Coglituri; era dedicato a sant'Anna. Si trovava a una certa distanza dal centro abitato, in località Cucco-Santa Domenica. Ai primi del Seicento, però, questo sito dovette essere abbandonato, poiché estremamente soggetto a frane, si optò per un luogo più sicuro e più vicino al centro abitato. L'odierno convento venne edificato tra il 1603 ed il 1614. Al pari di quello dei domenicani, tra il XVII ed il XIX secolo, ebbe grande rilevanza culturale nell'ambito della società savocese, costituendo il punto di riferimento per la formazione umanistica, scientifica e giuridica dei pochi privilegiati che in quegli anni avevano la possibilità di studiare. La chiesa annessa al maestoso edificio del convento, è dedicata a san Francesco d'Assisi, al suo interno racchiude varie opere di grande pregio artistico e storico. La cripta dei cappuccini, realizzata agli inizi del Seicento nei sotterranei della chiesa del convento e dell'antistante piazzetta, ha un'ampiezza di 14x4,25 m; e racchiude 17 cadaveri mummificati, oggetto di studi di un team di ricerca internazionale ("progetto mummie siciliane").