È situato su una penisola, dall'estensione di 50.000 mq. La pianta, a forma ellittica, è circondata dal mare e dalle mura. In quasi tutte le città marittime medioevali, la difesa era affidata all'andamento tortuoso delle vie. L'andamento delle strade parallele è curvilineo, con bruschi cambiamenti di sezione; dall'unica via meridiana Strada Piazza, si dipartono a spina di pesce innestandosi a due a due a baionetta, tutte poi conducevano dal Largo Castello (oggi Piazza Municipio) al Largo Chiesa Vecchia, in altre parole al porto, e viceversa. La difesa era praticata al di sopra dei tetti, perciò erano frequenti i "cavalcavia" che univano le case, questo permetteva un passaggio continuo da un abitato all'altro. Quando Molfetta cominciò a trafficare sul mare, dove ora c'è Piazza Municipio, fu costruita intorno al 1482 una torre cilindrica "Porta Castello"