Le origini della Confraternita risalgono ai primi anni del ‘500, difatti nella Platea Magna del 1770 si evince che la Confraternita del Glorioso S. Giovanni Battista esisteva a Maddaloni già dal 1505 nella chiesa di S. Francesco d’Assisi. La costruzione della chiesa, di chiara matrice neoclassica, fu ultimata nel 1757, data che poteva leggersi sul pavimento originario, oggi rimosso, mentre la cripta ipogea dovette risultare ultimata già nel 1728, in quanto in quella data avvenne una sepoltura.