Sin da giovane Fabrizio aveva abbracciato la causa dell'antica Compagnia dei Cavalieri Giovanniti.
La sua carriera nell'Ordine fu brillante fino a raggiungere il grado di bali dei Cavalieri della provincia di S. Eufemia. Il giovane cavaliere, come i suoi confratelli dell'ordine, portava con sé tutto il retaggio di una tradizione propria della cultura medioevale: lo zelo per il cristianesimo inteso come lotta, anche cruenta contro gli “infedeli”, la profanazione di Gerusalemme intesa come nuova crocifissione del Cristo, erano temi cari all'Ordine giovannita.
I Cavalieri Giovanniti non erano soltanto uomini d'arme: il servizio ai poveri, ai malati e ai pellegrini era da essi vissuto come accoglienza di Cristo nelle membra dell'uomo sofferente e così Fabrizio, “[...] impedito dal mal della gote con l'armi e col valore contro gli infedeli di Cristo esercitar l'istituto della sua Religione, non mancò d'esercitarlo con l'affetto della sua grande pietà e ardente zelo [...] alloggiando ciaschedun giorno nella sua propria casa tredici pellegrini in memoria di Cristo, dandogli da mangiare e dormire e ministrandoli egli di persona”.
La sua condizione di Baglivo consentì al Pignatelli di usufruite dei beni provenienti dal suo status in seno alla Congregazione nella costruzione di uno Spizio:"[...] Quindi a tal fine nell'anno 1564 diede principio presso le Mura nuove della città ad una chiesa sotto il titolo della Natività di Nostra Signora Maria sempre Vergine per ivi appresso fondar un Ospedale per Albergo de Pellegrini", da edificarsi sul territorio di sua proprietà denominato Pignasecca, situato fuori le mura della città, alle spalle della porta Reale dello Spirito Santo.
Sull’origine della denominazione di questo territorio si narra un curioso aneddoto: pare che nella zona esistesse un pino, ovvero una “Pigna”, la cui vegetazione nascondeva numerose gazze che perpetravano sottrazioni di oggetti in vari luoghi.
L’autorità ecclesiastica bandì un editto di scomunica contro ignoti ladri che venne affisso all’albero il quale, subito dopo l’affissione, inaridì facendo assumere alla località la denominazione di Pigna Secca.
L’istituzione dell’opera caritativa del Pigntelli venne sancita da Papa Gregorio XIII, il 13 dicembre 1574, la bolla pontificia approvava la costruzione della Chiesa e dell'ospedale per i pellegrini, entrambi da intitolarsi a S. Maria Materdomini e contestualmente autorizzava l'ospedale ad accettare la donazione da parte di don Fabrizio dei suoi beni inclusa la "pezza di terra chiamata del Biancomangiare".
La costruzione della chiesa fuori la Porta Reale fu portata a termine nel 1575 e sulla facciata venne collocata la statua della Vergine protettrice dei pellegrini.
Subito dopo si pose mano all'edificazione dell’ospedale. Alla morte di don Fabrizio avvenuta il 7 settembre 1577 “la struttura era ancora in fieri, che non era anche ridotto (l'ospedale) a perfezione non s'esercitava l'opera per la quale era stato eretto”.