La chiesa e il convento domenicano di Bosco Marengo sorsero nel 1566 per volontà di papa Pio V, al secolo Michele Ghislieri (1504 – 1572), che ne decise la costruzione l’anno stesso della sua elezione a pontefice, carica che ricoprì dal 1566 al 1572. Diventato papa a brevissima distanza dal Concilio di Trento (1563), il nuovo papa intendeva realizzare nella propria città natale una delle primissime declinazioni in architettura dei dettami della Controriforma, definiti appunto dal Concilio. La scelta fu di localizzare il complesso fuori dal centro abitato in aperta campagna, a metà strada tra Bosco Marengo e Frugarolo.
Il complesso fu progettato dal perugino Ignazio Danti, affiancato poi da Giacomo della Porta. La chiesa, a croce latina con la cupola all’incrocio dei bracci, esemplata sui modelli romani classicheggianti, coinvolse anche il celebre artista toscano Giorgio Vasari. È lui stesso a ricordare nella propria autobiografia la commissione ricevuta dal papa per l’Adorazione dei Magi nella quarta cappella e per la “grandissima macchina” concepita per l’altare maggiore, di cui oggi sopravvive in situ il Giudizio Universale.
L’edificio fu concluso dopo la morte del pontefice e, in origine, aveva la duplice funzione di convento e di seminario per la formazione dei giovani domenicani. Nel 1801 il convento passò sotto il controllo della monarchia e nel 1860 venne definitivamente soppresso e il complesso diviso. Dal 1894 la struttura del convento è stata destinata a ospitare il Regio Riformatorio e dal 1934 il convento fu trasformato in Casa di Rieducazione per i minori. Il riformatorio fu chiuso agli inizi degli anni 90 e da quel momento si iniziò a parlare di allestire un Museo Vasariano in alcuni ambienti del Chiostro piccolo.
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