Fondato nel 1209, l'ordine dei frati minori farà capolino a Bolzano tra il 1221 e il 1237. Presso l'antica cappella di San Ingenuino, dove secondo la leggenda un giovane Francesco d'Assisi venne a pregare durante un viaggio di lavoro, venne eretto il convento dell'ordine. La chiesa e il chiostro sono tra gli esempi più illustri di gotico in regione. Di grande valore sono gli affreschi giotteschi e l'altare ligneo di Hans Klocker.
Nel 1781 su decreto dell'Imperatrice Maria Teresa, viene affidata ai francescani l'istituzione del primo ginnasio bolzanino. Nel 1882 verrà inaugurata la sede definitiva, oggi in via Vintola 23. Proprio qui lascerà il segno p. Caius D'Andrea. Formatosi a Roma presso la pinacoteca Vaticana, fece propri gli influssi preraffaelliti. Come i francescani erano contro ricchezza e corruzione nella chiesa, così i preraffaelliti erano contro la corruzione dell'arte operata da Raffaello, che avrebbe idealizzato la natura e sacrificato la realtà in nome della bellezza.