Il chiostro, di forma rettangolare, occupa una superficie di mq. 178.25, con i lati avente le dimensioni di mt. 11.50 x mt. 15.50, al centro del quale si trova una cisterna di una originalissima forma ottagonale.
Attorno alla cisterna un basamento che circonda e riprende la forma ottagonale amplificandone la struttura e imponendo la sua presenza al centro del chiostro.
In origine il chiostro era costituito da una sequenza di archi a tutto sesto la cui forma era sottolineata da una cornice che ne riprendeva la forma.
Queste arcate erano sorrette da capitelli di stile dorico e da colonne lisce che poggiavano su piedistalli decorati con fregi a fior di loto che delimitava lo spazio che in origine doveva essere coltivato dai francescani.
Il porticato è formato da campate le cui volte sono a crociera e molto probabilmente dovevano essere affrescate con scene che raccontavano la vita di San Francesco DAssisi.
Con il passare del tempo, a causa della suddivisione del convento fra diversi proprietari, Chiesa, Comune, Provincia, diverse arcate sono state murate ed il solo lato che mantiene la sua originaria impostazione architettonica è quello che veniva utilizzato dai Regi Carabinieri.
Nei secoli passati il chiostro era considerato lunione della natura con il divino e sicuramente i frati vi trascorrevano le ore dedicate alla meditazione ed alla contemplazione.