I lavori per la costruzione della chiesa e del convento di Santo Spirito, in via Montebello, iniziarono nel 1519. Alla morte del duca Alfonso I d'Este i lavori furono interrotti, ma dalle fonti risulta che il complesso doveva essere già di notevole ampiezza. Nel 1570 la chiesa venne danneggiata pesantemente dal disastroso terremoto che si abbatté a più riprese sulla città. Subito dopo il terremoto si decise di ristrutturare la chiesa e il convento. I lavori finirono solo nel 1630 e definirono l'assetto attuale della chiesa e del convento. La parte del convento che subì meno danni nel terremoto è quella del capitolo e del refettorio che risale alla primitiva costruzione cinquecentesca e all'interno presenta cinque rosoni dipinti dalla scuola del Garofalo.
Il convento e la chiesa vivono il loro periodo di maggior prestigio durante la fine del Seicento per tutto il Settecento.