Il Chiostro, cuore del Collegio dei Chierici Regolari di San Paolo, comunemente detti Barnabiti, qui trasferiti nel 1815 dalla loro prima sede di San Giovanni alle Vigne, rappresenta la traccia più antica dell’insediamento in Lodi dei Frati Minori Francescani, reintrodotti in città per volere del vescovo Bongiovanni Fissiraga alla fine del ‘200. E’ da supporre che il convento sia stato edificato contestualmente alla Chiesa di San Francesco, portata a termine già entro gli inizi del ‘300.L’aspetto originario del chiostro non ci è noto, poiché quello che attualmente vediamo, in stile rinascimentale, è frutto di una sistemazione intervenuta a seguito dell’insediamento dei Francescani Osservanti, subentrati ai Conventuali nel 1544. Sulla parete confinante con la Chiesa è stata rimessa in luce una nicchia a sesto acuto, contornata da bordure in cotto ed affrescata: sulla parete di fondo una Madonna col Bambino, un santo vescovo ed una santa non identificabile, nei sottarchi San Francesco a S.Lodovico da Tolosa. Si tratta di una cappella sepolcrale, riferita da alcuni alla famiglia Bononi, da altri a quella dei Pocalodi.