Edificata nel 1088 e dedicata a San Giacomo, venne eretta accanto alle mura scoscese della città dalle quali prese l'appellativo "rupto".
L'edificio venne donato nel 1256 a Benedetta, badessa delle Damianite, da Giacomo, abate di Farfa.
Divenuta sede parrocchiale, nel 1323 San Giacomo accolse le monache Benedettine di S. Donato di Fìebuìe, che ottennero luso della chiesa soltanto nel 1458 e la mantennero fino alla soppressione degli ordini religiosi del 1897.
Dal 1902 il monastero divenne sede del Laboratorio San Francesco per fanciulle povere, gestito dalle Suore Francescane Angeline.
Laccesso alla chiesa avviene attraverso un piccolo chiostro romanico. La pianta, a croce latina a navata unica, presenta un abside lievemente inclinata a simboleggiare il capo di Cristo sulla croce nel momento della morte.