La costruzione venne eretta a partire dal 1647 su richiesta fatta al Doge veneziano Francesco Da Molin, Capitano da Mar della flotta veneziana, da una suora, Madre Maria Benedetta De Rossi dell'ordine delle Serve di Maria, ispirata da una visione avuta in sogno. Il gruppo di suore a cui apparteneva Madre Maria Benedetta era proveniente da Burano.
Il Senato approvò tale costruzione sperando in un aiuto divino per la Guerra di Candia, le cui sorti non parevano favorevoli.
Il convento era sito presso le Fondamenta Nuove, sul limite settentrionale di Venezia, ed attiguo ad esso fu eretta dal progettista, l'architetto Francesco Contin originario di Lugano, la Chiesa di Santa Maria del Pianto, o dei Sette Dolori, i cui lavori presero avvio nel 1649, venendo poi consacrata nel 1687. Fu soppressa nel 1810.
Degli edifici ora rimane solo la chiesa (il convento è andato perso), che è di proprietà dell'Ulss 12.
Nel 2001 il Comune di Venezia indicò l'edificio come luogo per la celebrazione di funerali laici; nel 2005, dopo l'approvazione di un progetto e del relativo finanziamento da parte della Giunta, la Curia osservò che la chiesa era ancora consacrata e non aveva intenzione di sconsacrarla per destinarla a tali funzioni.[1]
La struttura, in mancanza di regolari restauri, si trova in un precario stato di conservazione.